Центральная Босния была одним из районов Европы, в котором уже в неолите появилось искусство керамики. Следы художественной и материальной культуры того времени были обнаружены возле Бутмира (близ Сараево), поэтому неолитическую культуру Боснии принято называть бутмирской.
В III тысячелетии до н.э. ряд племен, владевших железными орудиями и оружием, вторглись в этот район и разрушили бутмирскую культуру. Тем не менее очень мало известно о прошлом Боснии до появления в ней в гальштатскую эпоху (II и I тысячелетия до н.э.) иллирийских племен. Иллирийцы были основными жителями страны до 4 в. до н.э., когда с севера сюда переселились кельты. В 1 в. до н.э. нынешнюю территорию Боснии и Герцеговины заняли римляне, которые превратили ее в часть крупной провинции Иллирик.
Лингвистическая карта Балкан в целом и Боснии и Герцеговины в частности приобрела свой современный вид в 6 и 7 вв., когда славянские племена, главным образом хорваты и сербы, захватили западные части Балканского полуострова, принадлежавшие Восточной Римской (Византийской) империи, оставив ей укрепленные адриатические города, а затем славянизировали иллирийское население.
Средние века. Босния последней из областей южных славян создала собственное государство и последней была обращена в христианство. Географическое положение Боснии изолировало ее центральную часть от воздействия культур соседних стран – Византии с юга, культуры Германии и Священной Римской империи с севера, Италии с запада.
Первоначальная Босния, район верхнего течения реки Босна, находилась в вассальном подчинении у Рашки (Сербии), но после 960 н.э. стала самоуправляемой территорией. В 1018 Византия установила номинальную власть над Боснией. В начале 12 в. Венгрия оккупировала часть Боснии, включая долину реки Рама. Венгерский король получил титул «Ramae rex» (король Рамы, т.е. Боснии) и назначил банов (наместников короля) для управления провинцией. После периода контроля со стороны Византии бан Кулин Боснийский (правил в 1180–1204) вновь признал власть Венгрии. Тем не менее он вел себя как независимый правитель, предоставив торговые привилегии купцам из Дубровника, поощрял переселение ремесленников, рудокопов и мастеров из прибрежных городов Хорватии и добычу серебра и железной руды.
В 1203 папский легат обязал Кулина и старейшин монастырских общин, называвшихся просто крстяни (христиане), отказаться от ереси и признать главенство Римско-католической церкви. Это означало, что богомильская ересь уже существовала в Боснии. После смерти Кулина Венгрия предприняла ряд крестовых походов против «боснийских еретиков» и в 1250 заставила банов вновь подчиниться ей.
В течение одного столетия баны были связаны с Венгрией и католической церковью. Экономический расцвет усилил политические амбиции боснийских банов и аристократов. Твртко I Котроманич (правил 1353–1391) начал свое правление как бан и вассал Венгрии, но в 1377 короновал сам себя королем.
В 13–14 вв. баны и короли Боснии расширили территорию, которая стала последним большим средневековым королевством южных славян. Их экспансия привела к увеличению населения страны, главным образом за счет хорватов, и после приобретения Герцеговины (Хум или Хумская земля) страна получила выход к Адриатике.
После смерти Твртко государство пришло в упадок. Венгрия вновь захватила центральную и северную части Далмации, которые Твртко приобрел в 1390. Кроме того, в 15 в. боснийские короли потеряли власть над феодалами. Хум, в частности, управлялся представителями местных династий, такими, как Сандаль Хранич и его племянник Степан Вукчич. Последний в 1449 выбрал себе титул «герцег» (герцог), и после этого средневековый Хум стал называться Герцеговиной.
Османское правление. В 1463 большая часть раздробленной Боснии попала под власть турок; Герцеговина сопротивлялась немного дольше, но в 1482 обе провинции были объединены турками под властью единой администрации. Последние боснийские территории (район Яйце) перешли к туркам в 1528, после победы османов над венграми в битве при Мохаче (1526). Вся Босния и Герцеговина оставалась под властью османов вплоть до 1718, когда часть ее территории на два десятилетия отошла к Габсбургам.
После завоевания турками боснийские богомилы в массовом порядке были обращены в ислам. Некоторые присоединились к церковным христианам, в частности к католикам. Это массовое обращение в другую веру, уникальное по своим масштабам, наделило Боснию особым статусом в Османской империи. Территория Боснии была сохранена и расширена за счет ряда хорватских территорий. Мусульманская элита Боснии получила статус наследуемого дворянства.
Религиозный ландшафт Боснии усложнился после того, как мигранты, называвшиеся влахами и считавшие себя православными христианами, поступили на службу пограничными стражниками Османской империи в северо-западной части Боснии. Со временем они стали отождествлять себя с сербами. Кроме того, во время османского правления значительная доля католического населения Герцеговины приняла православие.
После нескольких столетий борьбы с землевладельцами-феодалами правительство в 1839 объявило равенство всех подданных Османской империи перед законом и отменило феодальную военную систему.
В 1848 губернатор Боснии отменил т.н. корве – бесплатный труд крепостных на своего помещика. Менее обеспеченные землевладельцы (ага) не хотели лишаться корве, но их мятеж был подавлен (1849–1851). Феодалы-землевладельцы полностью примирилось с правительством, когда оно выпустило указ (1859), объявлявший феодалов полными владельцами земли и превращавший крестьян в издольщиков. Закон 1859 давал крестьянам свободу; по собственному желанию или под давлением многие из них отказались от своих прав на аренду земли. В 1875 имелось несколько сотен беев или крупных землевладельцев, более 6 тыс. ага, 77 тыс. крестьянских семей (главным образом мусульманских) и 85 тыс. семей издольщиков, в основном православных (сербов) и католиков (хорватов).
Некоторые землевладельцы стремились получать как труд корве, так и более высокую ренту, которая была предоставлена им по закону 1848. Кроме того, неурожай в Герцеговине в 1875 привел к голоду. Но восстание, которое вспыхнуло в 1875, было одновременно и политическим, и экономическим. Идеологически оно распалось на несколько течений, высказывавшихся за объединение с Сербией, за объединение с Хорватией или за автономию. Берлинский конгресс (1878) передал Боснию и Герцеговину под власть Австро-Венгрии.
Австро-венгерское правление. Во время австро-венгерского правления Вениамина фон Калая (1883–1903) экономика Боснии и Герцеговины интенсивно развивалась. Были построены железные дороги, основаны банки, открыты деревообрабатывающие заводы и табачные фабрики. Однако росло и недовольство политикой Калая, установившего полуколониальный режим, опиравшийся на бюрократические кадры, которые прибывали из Австро-Венгрии. Кроме того, Босния и Герцеговина все более оказывалась в центре соперничества между хорватами и сербами. Австро-венгерская администрация препятствовала связям провинции с Хорватией и поощряла региональные национальные чувства.
Борьба за Боснию и Герцеговину достигла своей кульминации в 1903 с приходом на трон в Сербии Петра I Карагеоргиевича. В обстановке растущего сербского национализма Австро-Венгрия аннексировала в 1908 Боснию и Герцеговину, поставив Европу на грань войны.
Еще до аннексии контроль за сербским националистическим движением в Боснии и Герцеговине стал постепенно переходить от консерваторов к радикалам. Более молодое поколение сербских националистов хотело осуществить объединение с Сербией, используя в числе других методы террора. Террористам, которым оказывала помощь сербская военная разведка, после провала ряда покушений на австро-венгерских чиновников удалось в июне 1914 убить эрцгерцога Франца Фердинанда. Это политическое убийство в Сараево подтолкнуло Австро-Венгрию к объявлению войны Сербии и развязало Первую мировую войну.
Югославский период. В конце Первой мировой войны Австро-Венгрия распалась, а Босния и Герцеговина вошла в состав нового Королевства сербов, хорватов и словенцев (в 1929–1945 – Королевство Югославия). В межвоенный период господствующая мусульманская партия – Югославянская мусульманская организация (ЮМО) – боролась за автономию Боснии и Герцеговины, но король Александр Карагеоргиевич после объявления королевской диктатуры в 1929 разделил Боснию и Герцеговину на несколько бановин. В 1939 югославский премьер-министр Драгиша Цветкович достиг соглашения с Владко Мачеком, лидером хорватской оппозиции, о создании автономной бановины Хорватия. Впоследствии части Боснии и Герцеговины с хорватским большинством были включены в состав Хорватии. Эта стратегическая ошибка деморализовала многих мусульман и поощряла как сербских, так и хорватских националистов считать оставшуюся часть Боснии законной частью Сербии.
Во время Второй мировой войны Германия и ее союзники разделили Югославию на несколько областей, включив Боснию и Герцеговину в состав независимого государства Хорватия, сателлита оси, возглавлявшегося фашистским движением усташей. Этот период характеризовался преследованиями сербов усташами и убийствами мусульман сербскими четниками.
Послевоенная Босния и Герцеговина имела статус республики в югославской федерации, созданной по советскому образцу маршалом Иосипом Броз Тито. В течение первых послевоенных лет вплоть до 1966 в руководящих органах республики преобладали сербы, которые продолжали преследовать хорватских и мусульманских националистов, а также все религиозные общины. После 1966 Тито все в большей степени стал полагаться на лидеров-коммунистов Боснии и Герцеговины, которые придерживались жесткой линии, чтобы свести на нет амбиции как Сербии, так и Хорватии. Тито одновременно поддерживал боснийских мусульман как уже сложившуюся национальную группу, создавая для них все более благоприятное положение как плату за уступчивость его режиму. После смерти Тито в 1980 начали нарастать сербские притязания на Боснию.